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7月2日。ホワイトハウスのホイットモア大統領（ビル・プルマン）は、国防総省参謀本部長グレイ将軍（ロバート・ロッジア）らと異常な巨大物体接近の報告を受ける。物体は異星人の宇宙空母であることが判明、数時間後には十数隻の宇宙船が大気圏に突入した。Ｎ.Ｙ.では天才的なコンピューター技師のデイヴィッド（ジェフ・ゴールドブラム）が、宇宙船から発信される電波にあるパターンがあり、一種のカウントダウンの役目をしていることに気づく。シルヴァーレイクでは5歳のディランが宇宙船を発見、ダンサーの母ジャスミン（ヴィヴィカ・フォックス）に知らせた。彼女は恋人で休暇中の空軍パイロットのヒラー大尉（ウィル・スミス）と一緒にいたが、彼はエドワード空軍基地に戻った。Ｌ.Ａ.郊外では17歳のミゲル（ジェームズ・デュヴァル）が糖尿病の11歳の弟トロイの世話をしていた。14歳の妹アリシア（リサ・ジャクブ）もいたが、父ラッセル（ランディ・クエイド）は妻を亡くしてからアル中になり、宇宙人にさらわれたことがあると言っては、農薬散布の仕事にも熱中せず、ミゲルは父に怒りをぶちまけていた。デイヴィッドは老いた父ジュリアス（ジャド・ハーシュ）を連れ、ホワイトハウスに向かい、元妻の大統領補佐官コンスタンス（マーガレット・コリン）を通じて、大統領にカウントダウンまであと45分しかないことを告げる。だが、時すでに遅く、宇宙船から発射された怪光線によってＬ.Ａ.やＮ.Ｙ.は大爆発が起こり、市全体がたちまちのうちに破壊された。7月3日。ジャスミンは息子を連れ、トラックで廃墟の街を逃れてヒラーのいる基地へ向かう。途中、重傷の女性を助けるが、何とそれは大統領夫人マリリン（メアリー・マクドネル）だった。その頃、ヒラーと親友ジミー（ハリー・コニック・ジュニア）は宇宙船攻撃の選抜隊で指揮を取っていた。空中戦でただ一人生き残ったヒラーは、グランド・キャニオンで敵機を出し抜き、異星人パイロットの捕獲に成功した。彼は荒野で避難民のトレーラー・キャンプと遭遇し、ラッセル一家と出会う。ヒラーはネヴァダ州の秘密基地エリア51に向かうようミゲルに指示した。一方、大統領は国防長官からエリア51に宇宙船が極秘に隠されていることを聞かされて驚愕。デイヴィッドやコンスタンスらも専用機で現地に同行する。変人の管理者ドクター・オークン（ブレント・スパイナー）の案内で、地下の基地で40年間も保管されていた小型宇宙船と異星人の死体が披露された。そこへスティーヴンが生きた捕虜の異星人を連れてきたので、オークンは狂喜する。だが、意識を取り戻した異星人が彼ら数人の科学者を殺し、基地内は騒然。異星人は射殺されたが、この時、彼らのテレパシーを感知した大統領は、はっきりと異星人の目的が地球侵略であることを知った。大統領はヒューストン上空の宇宙船への核攻撃を決断するが、攻撃は失敗に終わる。全滅したエドワード空軍基地跡で野営したジャスミンは、ヒラーも死んだものと思い悲しみに暮れるが、そこへ軍用ヘリに乗って現れた彼と感激の再会を果たす。だが、重症の大統領夫人は間もなく亡くなった。7月4日。一時は絶望的になったデイヴィッドだが、父の言葉から異星人撃退のヒントを得る。月の辺りを周回する異星人の母艦にコンピューター・ウイルスを侵入させれば、敵機のシールドが弱まり、彼らの防衛システムを約30秒間停止することができ、そのわずかな時間に攻撃を加えるというのだ。パイロット経験のある大統領やラッセルらも名乗りを挙げ、戦闘機に乗り込む。大統領は壮行演説会で「今日から7月4日はアメリカ一国だけではなく、人類全体の独立記念日だ」と宣言。ヒラーとデイヴィッドの乗った小型機は大気圏を飛び出すと、計画どおり母艦に収容された。ウイルスが放射されて敵機のシールドは消え、同時に地上軍の攻撃が開始された。無数の攻撃機の前に苦戦するが、ラッセルが死と引き換えに攻撃方法を残してくれた。地球軍の猛反撃が開始され、宇宙船は次々と墜落・爆発する。ヒラーとデイヴィッドも脱出に成功。全世界の残存兵力も後に続き、ついには各地で勝利の凱歌が上がった。