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あれから10年後の1994年、人類滅亡の日は3年後に迫っていた。表面上は平和に見えるロサンゼルスの街に、未来から2体のターミネーターが送り込まれてきた。1体は未来社会を支配しているミリタリー・コンピューター、スカイネットにより送り込まれたT1000型（ロバート・パトリック）。未来の指導者となるべく運命づけられた少年ジョン・コナー（エドワード・ファーロング）を抹殺するという使命を与えられたT1000は、形状記憶擬似合金で構成されていて、触れることでどんな物体にも変化でき、しかもその戦闘能力は以前の101型をはるかに上回っていた。もう1体は未来のジョン・コナー自身が送りこんだT800型（アーノルド・シユワルツェネッガー）で、少年ジョンを守ることを使命としてインプットされていた。その頃、ジョン・コナーは養子に出され、その母サラ・コナー（リンダ・ハミルトン）は、1997年8月29日に核戦争が勃発し人類が滅亡するという危機を人々に訴えようとして精神病院に送り込まれていた。ジョンを狙いT1000の執拗な追跡が始まった。オートバイに乗ったジョンを、姿を変えながらどこまでも追いかけるT1000。その前にT800が立ちふさがり、その場はジョンはかろうじて命びろいをする。「君を守るためにやってきた」と告げるT800にジョンは驚くが、心を開き、精神病院に閉じ込められたサラを救い出そうと病院に向かう。病院を脱走しようとしているサラは厳重な警備を死闘の末に抜け出し、息子ジョンと再会する。以前自分を殺そうとしたターミネーターにうりふたつのT800を初めは疑ったサラだったが、次第に彼を信じるようになり、共に人類を滅亡の危機から救おうと行動を開始する。メキシコで武器を調達し、サラは単独で研究所員マイルス・ダイソン（ジョー・モートン）の家を襲撃する。未来の人類滅亡の危機を招くことになる革命的な新型コンピューター・チップの研究をストップさせるためだ。しかし駆けつけてきたジョンと、マイルスの家族たちに止められたサラはマイルスに研究所を破壊するように懇願する。サラの言葉を信じたマイルスと共に、サラ、ジョンとT800は研究所の厳重な警備に命を危険にさらされながら、保管されていたターミネーターの腕とチップの盗み出しに成功した。そして再びT1000の追跡が始まり、戦いはT800とT1000の死闘となる。機関銃の連続発射にもぐにゃりと体の形を変え再生しては攻撃してくるT1000だったが、遂に溶鉱炉に追いつめられ、溶けて壮絶な最期を遂げた。サラは未来の悲劇を生む腕とチップも溶鉱炉に投げ入れたが、ジョンの命を守り続けたT800も、夕ーミネーターの研究素材として人類滅亡の危険性を秘めている。そのことを知っているT800は、「行かないで」と泣き叫ぶジョンとサラに別れを告げ、溶鉱炉の中に自ら沈んでいくのだった。人類滅亡の危機を回避し、再び平和が街に訪れた。