「MOTHER 最後の少女イヴ」のストーリー

約三万年前、惑星マース(火星)。高度に発達した文明により引き起こされた環境汚染のため地上は汚染され、人類が生息できるのは、ドームで覆われた人工都市アトラン・シティの中だけであった。都市を統治するデカルタン治安局長、エリスティア議長ら上層部は、科学力でつくりだした自然を本物と思わせ、人々を巧みに管理していた。都市の最も深い地底にある訓練センター“AIS”には、人間の精神に秘められたパワー、アストラル能力の開発を学ぶ少女たちが集められていた。彼女たちは両親の記憶さえ消され、訓練づけの生活を送っていた。一方、“アカシアン”と呼ばれるレジスタンス・グループがいた。彼らは、上層部のやり方に疑問を抱き、失われてしまった環境を何とか取り戻そうと、自然の秘密を握る“マスター”という存在と交信しようとしていた。交信するには強いサイキック・パワーを持つ人物が必要だったため、アカシアンの少年デューは、AISに潜入しイヴを連れ出す。最初は抵抗していたイヴだったが、ドームの外の荒廃した風景を見せられ、自分の力を使うことを決意する。彼らは遂にマスターと交信、マスターは人類が犯した過ちと、環境保護の必要性を説く。同じ頃、アカシアンを押さえようとした上層部が強力な兵器を使用してしまう。そのためアトラン・シティは崩壊し、人類は全滅してしまった。魂の姿となったイヴは、同じ太陽系で生物がいる惑星“地球”へ下り立つ。そして自分たちのした過ちを繰り返さないよう、地球の先史民族に知恵を授けた。彼らはアトランティス文明を起こし、イヴの魂は、永遠に地球人の平和が続くよう祈るのであった。