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メトロポリス市のデイリー・プラネット社。いつものように記者クラーク・ケント（クリストファー・リーブ）が出勤すると、社内は、ある事件でもちきりだった。パリのエッフェル塔がテロリストに占拠され、核爆弾により市街が破滅されようとしているというのだ。すでにロイス・レーン（マーゴット・キダー）は取材のためパリに向かっていた。編集長ペリー・ホワイト（ジャッキー・クーパー）に、行動の遅さを指摘された後、クラークは、急拠スーパーマンに変身しエッフェル塔に向かった。彼は、一瞬のうちに核爆弾をのせたエレベーターとエッフェル塔に登る途中落下してしまったロイスを腕にうけとめると、エレベーターを宇宙の彼方へと放りなげた。しかし、その爆発の余波で、ゾッド将軍（テレンス・スタンプ）、その愛人で副官のアーサ（サラ・ダグラス）、巨大な身体セもつノン（ジャック・オハローラン）の3人が自由の身になった。彼らは、クリプトン惑星の悪人で有罪の判決のもとにガラス板状のファントム・ゾーンに閉じこめられ、宇宙をさまよっていたのだ。スーパーマンと同じ惑星人である彼らは、同じように超能力をもつ。彼らは月面の宇宙飛行士たちを簡単に全滅させると、地球征服をめざし宇宙基地のあるヒューストンへと向かった。一方、刑務所に閉じ込められていた悪人レックス・ルーサー（ジーン・ハックマン）は、子分のオーティス（ネッド・ビーティ）と愛人のイブ（ヴァレリー・ペリン）の協力で脱獄し、スーパーマンの本拠地のある北極に向かい彼の正体を知る。一方、取材のために新婚夫婦を装うクラークとロイスは、ナイヤガラで時を過ごしていた。そこで、大瀑布に落ちた少年を救う際クラークのメガネを取った顔を見たロイスは、スーパーマンに似ていることに気がついた。その晩、そのことをクラークに問いただすロイスに、彼女を愛しているクラークは全てを打ち明けた。そしてロイスを北極へつれてゆく。母親ラーラ（スザンナ・ヨーク）の幻影にロイスへの愛を打ち明けたスーパーマンは、ラーラから愛を成就するには、普通の人間にならねばならないと忠告される。ロイスへの愛を選んだ彼は、そこで超能力を捨てた。そのころ、世界は、ゾッド将軍をはじめとする3悪人により危機に瀕していた。彼らは、アメリカの首都ワシントンを占拠し、大統領（Ｅ・Ｇ・マーシャル）を床にひれ伏せさせ、テレビで通じてスーパーマンに挑戦をたたきつけた。それをテレビで見たスーパーマンはロイスとの愛を諦め、再びスーパーマンに戻るために北極に向かう。そしてデイリー・プラネット社へ押しかけた3人組と部下におさまったルーサーの4人と、スーパーマンの対決が始まる。激戦の末、北極へ飛び去るスーパーマン。ロイスを連れてそれを追う4人。本拠地では、ロイスを囮にされスーパーマンは超能力を奪われる部屋の中へ。しかし、超能力を奪う機能が作用したのは部屋の外だった。超能力を失った3悪人はスーパーマンの力のもとに敗れ去るのだった。